Historias Cortas 
Operativo Siesta (1977)
Y la rama llena de frutos (1986)
Importancia por contacto (1986)
Todos los cuentos (1995)

Biografías 
Maimonides (1963)
El Combate Perpetuo (1971

Novelas 
Refugiados: Crónica de un palestino (1969)
La Cruz Invertida (1970)
Cantata de los diablos (1972)
La conspiración de los idiotas (1978)
Profanación del amor (1978)
La Gesta del Marrano (1991)
La Matriz del Infierno (1997)
Los Iluminados (2000)
Asalto al Paraiso (2002)
La Pasión según Carmela (2008)

Ensayos  
Carta Esperanzada a un General (1983)
El Valor de Escribir (1985)
Un país de novela (1988)
Memorias de una Siembra (1990)
Elogio de la culpa (1993)
Nueva Carta Esperanzada a un General (1996)
Diálogos sobre la Argentina y el fin del Milenio (1996)
Nuevos Diálogos (1998)
El Atroz encanto de ser argentinos (2001) (PDF Spanish)
El Cochero (2001)
Las Dudas y las Certezas (2001)
Las Redes del Odio (2003)
¿Qué Hacer? (2005)
El Atroz Encanto de Ser Argentinos 2 (2007)

Estudios críticos 
Ignacio López-Calvo's Religión y militarismo en la obra de Marcos Aguinis 1963-2000. New York: Edwin Mellen Press, 2002
La gesta literaria de Marcos Aguinis. Ensayos Críticos. Ed. Juana Alcira Arancibia. Costa Rica: Perro Azul, 1998

Premios
Premio Planeta (España),
Premio Fernando Jeno (México),
Premio Benemérito de la Cultura de la Academia de Artes y Ciencias de la Comunicación,
Premio Nacional de Sociología,
Premio Lobo de Mar,
Premio Nacional de Literatura,
Faja de Honor de la Sociedad Argentina de Escritores,
Premio Swami Pranavananda,
Plaqueta de Plata Anual de la Agencia EFE por su contribución al fortalecimiento de la lengua y la cultura iberoamericanas,
Fue designado Caballero de la Orden de las Artes y las Letras de Francia.
Título de Doctor Honoris Causa de la Universidad de Tel Aviv, Israel (2002),
Título de Doctor Honoris Causa de la Universidad de San Luis, Argentina, (2000),
Gran Premio de Honor por la totalidad de su obra, conferido en 1995 por la Sociedad Argentina de Escritores.

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